A clínica de um paciente com apnéia central difere daquela do paciente com apnéia obstrutiva, embora haja muitas semelhanças entre os grupos. Estudos mostram que indivíduos com apnéia central pura reclamam menos de hipersonia diurna do que pacientes com apnéia obstrutiva.
O primeiro sintoma dos pacientes com apnéia central tende a ser insônia ou algum outro distúrbio do sono, sendo comum o aumento do número de despertares durante a noite. Tais despertares podem ser acompanhados de surtos de engasgos ou diminuição do tempo respiratório, sintomas raros num paciente com apnéia obstrutiva. Depressão, diagnosticada com base em dados subjetivos e testes formais, é outro achado frequente nos pacientes com apnéia central. Estes tendem a apresentar um índice de massa corpórea dentro da normalidade, enquanto pacientes com apnéia obstrutiva clássica tendem a ser obesos.
Ainda há dúvidas quanto à frequência e à duração das apnéias centrais, necessárias para determinar sintomas clínicos, assim como ainda se questionam quais variáveis devam ser monitorizadas para prever o aparecimento de manifestações clínicas nesta doença. Admite-se que mais de 30 apnéias por noite ou cinco eventos por hora de sono, centrais ou obstrutivos, sejam considerados anormais.
